Branch data     Line data    Source code

       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/IO/MeditMeshReader.cpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.,
       7                 :            :              2022-2024 J. Bakosi
       8                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       9                 :            :   \brief     Medit mesh reader class definition
      10                 :            :   \details   Medit mesh reader class definition. Only supports tetrahedra.
      11                 :            : */
      12                 :            : // *****************************************************************************
      13                 :            : 
      14                 :            : #include <array>
      15                 :            : #include <istream>
      16                 :            : #include <string>
      17                 :            : #include <vector>
      18                 :            : #include <cstddef>
      19                 :            : 
      20                 :            : #include "Types.hpp"
      21                 :            : #include "Exception.hpp"
      22                 :            : #include "UnsMesh.hpp"
      23                 :            : #include "Reorder.hpp"
      24                 :            : #include "DerivedData.hpp"
      25                 :            : #include "MeditMeshReader.hpp"
      26                 :            : 
      27                 :            : using tk::MeditMeshReader;
      28                 :            : 
      29                 :            : void
      30                 :          2 : MeditMeshReader::readMesh( UnsMesh& mesh )
      31                 :            : // *****************************************************************************
      32                 :            : //  Read Medit mesh
      33                 :            : //! \param[in] mesh Unstructured mesh object
      34                 :            : // *****************************************************************************
      35                 :            : {
      36                 :          2 :   std::size_t ntet = 0;
      37                 :            :   // cppcheck-suppress unreadVariable
      38                 :          2 :   std::size_t triid = 0;
      39                 :            : 
      40         [ +  + ]:         35 :   while (!m_inFile.eof()) {
      41                 :         33 :     std::string s;
      42         [ +  - ]:         33 :     m_inFile >> s;
      43                 :            : 
      44         [ +  + ]:         33 :     if (s == "Triangles") {
      45                 :            : 
      46                 :            :       int nel;
      47         [ +  - ]:          2 :       m_inFile >> nel;
      48                 :            :       //std::cout << "ntri: " << nel << '\n';
      49 [ -  + ][ -  - ]:          2 :       ErrChk( nel > 0, "Number of triangles (surface elements) must be greater "
         [ -  - ][ -  - ]
      50                 :            :                        "than zero in file " + m_filename );
      51         [ +  + ]:        146 :       for (int i=0; i<nel; ++i) {
      52                 :            :         int tag;
      53                 :            :         std::array< std::size_t, 3 > n;
      54 [ +  - ][ +  - ]:        144 :         m_inFile >> n[0] >> n[1] >> n[2] >> tag;
         [ +  - ][ +  - ]
      55                 :        144 :         auto& triinpoel = mesh.triinpoel();
      56         [ +  - ]:        144 :         triinpoel.push_back( n[0] );
      57         [ +  - ]:        144 :         triinpoel.push_back( n[1] );
      58         [ +  - ]:        144 :         triinpoel.push_back( n[2] );
      59 [ +  - ][ +  - ]:        144 :         mesh.bface()[ tag ].push_back( triid++ );
      60 [ +  - ][ +  - ]:        144 :         mesh.faceid()[ tag ].push_back( 0 );
      61                 :            :       }
      62                 :            : 
      63         [ +  + ]:         31 :     } else if (s == "Tetrahedra") {
      64                 :            : 
      65                 :            :       int nel;
      66         [ +  - ]:          1 :       m_inFile >> nel;
      67                 :            :       //std::cout << "ntet: " << nel << '\n';
      68 [ -  + ][ -  - ]:          1 :       ErrChk( nel > 0, "Number of tetrahedra (volume elements) must be greater "
         [ -  - ][ -  - ]
      69                 :            :                        "than zero in file " + m_filename );
      70                 :            : 
      71                 :            :       // Read in tetrahedra element tags and connectivity
      72         [ +  + ]:         87 :       for (int i=0; i<nel; ++i) {
      73                 :            :         int tag;
      74                 :            :         std::array< std::size_t, 4 > n;
      75 [ +  - ][ +  - ]:         86 :         m_inFile >> n[0] >> n[1] >> n[2] >> n[3] >> tag;
         [ +  - ][ +  - ]
                 [ +  - ]
      76         [ +  - ]:         86 :         mesh.tetinpoel().push_back( n[0] );
      77         [ +  - ]:         86 :         mesh.tetinpoel().push_back( n[1] );
      78         [ +  - ]:         86 :         mesh.tetinpoel().push_back( n[2] );
      79         [ +  - ]:         86 :         mesh.tetinpoel().push_back( n[3] );
      80                 :         86 :         ++ntet;
      81                 :            :       }
      82                 :            : 
      83         [ +  + ]:         30 :     } else if (s == "Vertices") {
      84                 :            : 
      85                 :            :       int nnode;
      86         [ +  - ]:          2 :       m_inFile >> nnode;
      87                 :            :       //std::cout << "nnode: " << nnode << '\n';
      88 [ -  + ][ -  - ]:          2 :       ErrChk( nnode > 0,
         [ -  - ][ -  - ]
      89                 :            :           "Number of nodes must be greater than zero in file " + m_filename  );
      90                 :            : 
      91                 :            :       // Read in node coordinates: x-coord y-coord z-coord
      92                 :            :       int tag;
      93         [ +  + ]:         80 :       for (int i=0; i<nnode; ++i) {
      94                 :            :         tk::real x, y, z;
      95 [ +  - ][ +  - ]:         78 :         m_inFile >> x >> y >> z >> tag;
         [ +  - ][ +  - ]
      96         [ +  - ]:         78 :         mesh.x().push_back( x );
      97         [ +  - ]:         78 :         mesh.y().push_back( y );
      98         [ +  - ]:         78 :         mesh.z().push_back( z );
      99                 :            :       }
     100                 :            :     }
     101                 :         33 :   }
     102                 :            : 
     103                 :            :   // adjust boundary element ids in exo, since tets are written first
     104         [ +  + ]:         14 :   for (auto& [sid,triangles] : mesh.bface()) {
     105         [ +  + ]:        156 :     for (auto& tid : triangles) {
     106                 :            :       // cppcheck-suppress useStlAlgorithm
     107                 :        144 :       tid += ntet;
     108                 :            :     }
     109                 :            :   }
     110                 :            : 
     111                 :            :   // Shift node IDs to start from zero
     112                 :          2 :   shiftToZero( mesh.triinpoel() );
     113                 :            : 
     114                 :            :   // Shift node IDs to start from zero
     115                 :          2 :   shiftToZero( mesh.tetinpoel() );
     116                 :          2 : }