Branch data     Line data    Source code

       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/IO/NetgenMeshReader.cpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.,
       7                 :            :              2022-2024 J. Bakosi
       8                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       9                 :            :   \brief     Netgen mesh reader class definition
      10                 :            :   \details   Netgen mesh reader class definition. Only supports tetrahedra.
      11                 :            : */
      12                 :            : // *****************************************************************************
      13                 :            : 
      14                 :            : #include <array>
      15                 :            : #include <istream>
      16                 :            : #include <string>
      17                 :            : #include <vector>
      18                 :            : #include <cstddef>
      19                 :            : 
      20                 :            : #include "Types.hpp"
      21                 :            : #include "Exception.hpp"
      22                 :            : #include "UnsMesh.hpp"
      23                 :            : #include "Reorder.hpp"
      24                 :            : #include "NetgenMeshReader.hpp"
      25                 :            : 
      26                 :            : using tk::NetgenMeshReader;
      27                 :            : 
      28                 :            : void
      29                 :          3 : NetgenMeshReader::readMesh( UnsMesh& mesh )
      30                 :            : // *****************************************************************************
      31                 :            : //  Read Netgen mesh
      32                 :            : //! \param[in] mesh Unstructured mesh object
      33                 :            : // *****************************************************************************
      34                 :            : {
      35                 :            :   // Read nodes
      36                 :          3 :   readNodes( mesh );
      37                 :            :   // Read elements
      38                 :          3 :   readElements( mesh );
      39                 :          3 : }
      40                 :            : 
      41                 :            : void
      42                 :          3 : NetgenMeshReader::readNodes( UnsMesh& mesh )
      43                 :            : // *****************************************************************************
      44                 :            : //  Read nodes
      45                 :            : //! \param[in] mesh Unstructured mesh object
      46                 :            : // *****************************************************************************
      47                 :            : {
      48                 :            :   int nnode;
      49         [ +  - ]:          3 :   m_inFile >> nnode;
      50 [ -  + ][ -  - ]:          3 :   ErrChk( nnode > 0,
         [ -  - ][ -  - ]
      51                 :            :           "Number of nodes must be greater than zero in file " + m_filename  );
      52                 :            : 
      53                 :            :   // Read in node coordinates: x-coord y-coord z-coord
      54         [ +  + ]:       1670 :   for (int i=0; i<nnode; ++i) {
      55                 :            :     tk::real x, y, z;
      56 [ +  - ][ +  - ]:       1667 :     m_inFile >> x >> y >> z;
                 [ +  - ]
      57         [ +  - ]:       1667 :     mesh.x().push_back( x );
      58         [ +  - ]:       1667 :     mesh.y().push_back( y );
      59         [ +  - ]:       1667 :     mesh.z().push_back( z );
      60                 :            :   }
      61                 :            : 
      62                 :          3 :   std::string s;
      63         [ +  - ]:          3 :   getline( m_inFile, s );  // finish reading the last line
      64                 :          3 : }
      65                 :            : 
      66                 :            : void
      67                 :          3 : NetgenMeshReader::readElements( UnsMesh& mesh )
      68                 :            : // *****************************************************************************
      69                 :            : //  Read element connectivity
      70                 :            : //! \param[in] mesh Unstructured mesh object
      71                 :            : // *****************************************************************************
      72                 :            : {
      73                 :            :   int nel;
      74                 :            : 
      75                 :            :   // Read in number of tetrahedra
      76         [ +  - ]:          3 :   m_inFile >> nel;
      77 [ +  - ][ +  - ]:          3 :   if (!m_inFile.eof()) {
      78 [ -  + ][ -  - ]:          3 :     ErrChk( nel > 0, "Number of tetrahedra (volume elements) must be greater "
         [ -  - ][ -  - ]
      79                 :            :                      "than zero in file " + m_filename );
      80                 :          3 :     std::string s;
      81         [ +  - ]:          3 :     getline( m_inFile, s );  // finish reading the last line
      82                 :            : 
      83                 :            :     // Read in tetrahedra element tags and connectivity
      84         [ +  + ]:       5457 :     for (int i=0; i<nel; ++i) {
      85                 :            :       int tag;
      86                 :            :       std::array< std::size_t, 4 > n;
      87                 :            :       // tag n[1-4]
      88 [ +  - ][ +  - ]:       5454 :       m_inFile >> tag >> n[3] >> n[0] >> n[1] >> n[2];
         [ +  - ][ +  - ]
                 [ +  - ]
      89         [ +  - ]:       5454 :       mesh.tetinpoel().push_back( n[0] );
      90         [ +  - ]:       5454 :       mesh.tetinpoel().push_back( n[1] );
      91         [ +  - ]:       5454 :       mesh.tetinpoel().push_back( n[2] );
      92         [ +  - ]:       5454 :       mesh.tetinpoel().push_back( n[3] );
      93                 :            :     }
      94                 :            : 
      95                 :            :     // Shift node IDs to start from zero
      96         [ +  - ]:          3 :     shiftToZero( mesh.tetinpoel() );
      97                 :          3 :   }
      98                 :            : 
      99                 :            :   // Read in number of triangles
     100         [ +  - ]:          3 :   m_inFile >> nel;
     101 [ +  - ][ +  + ]:          3 :   if (!m_inFile.eof()) {
     102 [ -  + ][ -  - ]:          2 :     ErrChk( nel > 0, "Number of triangles (surface elements) must be greater "
         [ -  - ][ -  - ]
     103                 :            :                      "than zero in file " + m_filename );
     104                 :          2 :     std::string s;
     105         [ +  - ]:          2 :     getline( m_inFile, s );  // finish reading the last line
     106                 :            : 
     107                 :            :     // Read in triangle element tags and connectivity
     108         [ +  + ]:       2606 :     for (int i=0; i<nel; ++i) {
     109                 :            :       int tag;
     110                 :            :       std::array< std::size_t, 3 > n;
     111                 :            :       // tag n[1-3]
     112 [ +  - ][ +  - ]:       2604 :       m_inFile >> tag >> n[0] >> n[1] >> n[2];
         [ +  - ][ +  - ]
     113         [ +  - ]:       2604 :       mesh.triinpoel().push_back( n[0] );
     114         [ +  - ]:       2604 :       mesh.triinpoel().push_back( n[1] );
     115         [ +  - ]:       2604 :       mesh.triinpoel().push_back( n[2] );
     116                 :            :     }
     117                 :            : 
     118                 :            :     // Shift node IDs to start from zero
     119         [ +  - ]:          2 :     shiftToZero( mesh.triinpoel() );
     120                 :          2 :   }
     121                 :          3 : }