Xyst test code coverage report
Current view: top level - Inciter/AMR - tet_store.hpp (source / functions) Hit Total Coverage
Commit: e489e3468f2b950872163df1285c13fa7a355e8c Lines: 114 130 87.7 %
Date: 2024-11-20 18:16:45 Functions: 14 15 93.3 %
Legend: Lines: hit not hit | Branches: + taken - not taken # not executed Branches: 53 107 49.5 %

           Branch data     Line data    Source code
       1                 :            : #ifndef AMR_tet_store_h
       2                 :            : #define AMR_tet_store_h
       3                 :            : 
       4                 :            : #include <unordered_set>
       5                 :            : #include <vector>
       6                 :            : 
       7                 :            : #include "AMR_types.hpp"
       8                 :            : #include "active_element_store.hpp"
       9                 :            : #include "master_element_store.hpp"
      10                 :            : #include "marked_refinements_store.hpp"
      11                 :            : #include "edge_store.hpp"
      12                 :            : #include "util.hpp"
      13                 :            : #include "id_generator.hpp"
      14                 :            : 
      15                 :            : namespace AMR {
      16                 :            : 
      17                 :            :     class tet_store_t {
      18                 :            :         public:
      19                 :            :             // FIXME: Remove this (center_tets) data structure!
      20                 :            :                 // This is a horrendous code abuse, and I'm sorry. I'm fairly
      21                 :            :                 // certain we'll be re-writing how this detection is done and just
      22                 :            :                 // wanted a quick-fix so I could move on :(
      23                 :            :             std::set<size_t> center_tets; // Store for 1:4 centers
      24                 :            : 
      25                 :            :             std::set<size_t> delete_list; // For marking deletions in deref
      26                 :            : 
      27                 :            :             AMR::active_element_store_t active_elements;
      28                 :            :             AMR::master_element_store_t master_elements;
      29                 :            : 
      30                 :            :             std::vector< std::size_t > active_tetinpoel;
      31                 :            :             std::set< std::size_t > active_nodes;
      32                 :            : 
      33                 :            :             AMR::id_generator_t id_generator;
      34                 :            : 
      35                 :            :             std::unordered_set<size_t> intermediate_list;
      36                 :            :             // Public so it can be trivially grabbed for looping over.
      37                 :            :             std::vector< std::size_t > active_id_mapping;
      38                 :            : 
      39                 :            :             tet_list_t tets;
      40                 :            :             AMR::edge_store_t edge_store;
      41                 :            : 
      42                 :            :             // TODO: Make this (and others) private at some point
      43                 :            :             AMR::marked_refinements_store_t<AMR::Refinement_Case> marked_refinements;
      44                 :            :             AMR::marked_refinements_store_t<AMR::Derefinement_Case> marked_derefinements;
      45                 :            : 
      46                 :            :             /**
      47                 :            :              * @brief function to return the number of tets stored
      48                 :            :              *
      49                 :            :              * @return Num of tets
      50                 :            :              */
      51                 :            :             size_t size() {
      52                 :            :                 return tets.size();
      53                 :            :             }
      54                 :            : 
      55                 :            :             /**
      56                 :            :              * @brief Helper to check if an given tet is active
      57                 :            :              *
      58                 :            :              * @param id id of the tool to check
      59                 :            :              *
      60                 :            :              * @return active status of tet
      61                 :            :              */
      62                 :            :             bool is_active(size_t id)
      63                 :            :             {
      64                 :            :                 return active_elements.exists(id);
      65                 :            :             }
      66                 :            : 
      67                 :            :             /**
      68                 :            :              * @brief Return refinement case for a given id
      69                 :            :              *
      70                 :            :              * @param id id to get case for
      71                 :            :              *
      72                 :            :              * @return Refinement case for id
      73                 :            :              */
      74                 :            :             Refinement_Case get_refinement_case(size_t id)
      75                 :            :             {
      76                 :      51555 :                 return data(id).refinement_case;
      77                 :            :             }
      78                 :            : 
      79                 :            :             /**
      80                 :            :              * @brief Set value of normal
      81                 :            :              *
      82                 :            :              * @param id Id to set
      83                 :            :              * @param val true/false to set
      84                 :            :              */
      85                 :            :             void set_normal(size_t id, bool val)
      86                 :            :             {
      87                 :     137844 :                 data(id).normal = val;
      88                 :            :             }
      89                 :            : 
      90                 :            :             /**
      91                 :            :              * @brief Get normal value for given id
      92                 :            :              *
      93                 :            :              * @param id Id of tet to check
      94                 :            :              *
      95                 :            :              * @return true/false of normal value
      96                 :            :              */
      97                 :            :             bool is_normal(size_t id)
      98                 :            :             {
      99                 :            :                 // should the underlying type be bool?
     100                 :      51555 :                 return data(id).normal;
     101                 :            :             }
     102                 :            : 
     103                 :            :             /**
     104                 :            :              * @brief set a tet as normal
     105                 :            :              *
     106                 :            :              * @param id id to set
     107                 :            :              */
     108                 :            :             void mark_normal(size_t id)
     109                 :            :             {
     110                 :            :                 set_normal(id, true);
     111                 :            :             }
     112                 :            : 
     113                 :            :             /**
     114                 :            :              * @brief get data for a tet from master element
     115                 :            :              *
     116                 :            :              * @param id id of tet to get
     117                 :            :              *
     118                 :            :              * @return state of the tet
     119                 :            :              */
     120                 :            :             Refinement_State& data(size_t id)
     121                 :            :             {
     122 [ +  + ][ +  - ]:     541601 :                 return master_elements.get(id);
         [ +  - ][ -  - ]
         [ -  - ][ -  - ]
         [ -  - ][ -  - ]
         [ +  - ][ +  + ]
         [ +  - ][ +  - ]
         [ +  + ][ +  - ]
                 [ +  - ]
     123                 :            :             }
     124                 :            : 
     125                 :            :             const Refinement_State& data(size_t id) const
     126                 :            :             {
     127                 :     145458 :                 return master_elements.get(id);
     128                 :            :             }
     129                 :            : 
     130                 :            :             /**
     131                 :            :              * @brief Method to insert tet into the tet store, so the
     132                 :            :              * underlying data structure doesn't have to be interfaced with
     133                 :            :              * directly
     134                 :            :              *
     135                 :            :              * @param id Id of the added tet
     136                 :            :              * @param t The tet element
     137                 :            :              */
     138                 :            :             void insert(size_t id, tet_t t)
     139                 :            :             {
     140                 :            :                 // cppcheck-suppress assertWithSideEffect
     141                 :            :                 assert( !exists(id) );
     142                 :    2074956 :                 tets.insert( std::pair<size_t, tet_t>(id, t));
     143                 :            :             }
     144                 :            : 
     145                 :            :             /**
     146                 :            :              * @brief Getter for tet element
     147                 :            :              *
     148                 :            :              * @param id Id of tet to get
     149                 :            :              *
     150                 :            :              * @return Copy of the tet
     151                 :            :              */
     152                 :            :             tet_t get( size_t id )
     153                 :            :             {
     154                 :            :                 // cppcheck-suppress assertWithSideEffect
     155                 :            :                 assert( exists(id) );
     156 [ +  - ][ +  - ]:    2113134 :                 return tets.at(id);
                 [ +  - ]
     157                 :            :             }
     158                 :            : 
     159                 :            :             /**
     160                 :            :              * @brief Function to check if a tet exists. Useful for debugging
     161                 :            :              * access to invalid tets, or trying to re-create a tet which
     162                 :            :              * already exists
     163                 :            :              *
     164                 :            :              * @param id Id of the tet to check
     165                 :            :              *
     166                 :            :              * @return Bool stating if the tet already exists
     167                 :            :              */
     168                 :            :             bool exists(size_t id)
     169                 :            :             {
     170                 :            :                 auto f = tets.find(id);
     171                 :            :                 if (f != tets.end())
     172                 :            :                 {
     173                 :            :                     //trace_out << "tet " << id << " exists." << std::endl;
     174                 :            :                     return true;
     175                 :            :                 }
     176                 :            :                 return false;
     177                 :            :             }
     178                 :            : 
     179                 :            :             /**
     180                 :            :              * @brief Function to store a tet from a list of nodes
     181                 :            :              *
     182                 :            :              * @param id The ID of the tetrahedron to insert
     183                 :            :              * @param nodes The node ids which make up the tet
     184                 :            :              */
     185                 :            :             void store_tet(size_t id, tet_t nodes) {
     186                 :            : 
     187                 :            :                 insert(id, nodes);
     188                 :            : 
     189                 :            :                 // Sanity check the storage ids
     190                 :            :                 // (this is probably better in a function/2d loop)
     191                 :            :                 assert( nodes[0] != nodes[1] );
     192                 :            :                 assert( nodes[0] != nodes[2] );
     193                 :            :                 assert( nodes[0] != nodes[3] );
     194                 :            :                 assert( nodes[1] != nodes[2] );
     195                 :            :                 assert( nodes[1] != nodes[3] );
     196                 :            :                 assert( nodes[2] != nodes[3] );
     197                 :            :             }
     198                 :            : 
     199                 :            :             /**
     200                 :            :              * @brief Convenience function to store a tet without first building
     201                 :            :              * a list
     202                 :            :              *
     203                 :            :              * @param id The ID of the tetrahedron to store
     204                 :            :              * @param first First Node
     205                 :            :              * @param second Second Node
     206                 :            :              * @param third Third Node
     207                 :            :              * @param forth Forth Node
     208                 :            :              */
     209                 :            :             void store_tet(
     210                 :            :                     size_t id,
     211                 :            :                     size_t first,
     212                 :            :                     size_t second,
     213                 :            :                     size_t third,
     214                 :            :                     size_t forth
     215                 :            :                     )
     216                 :            :             {
     217                 :            :                 store_tet( id, { {first, second, third, forth} } );
     218                 :            :             }
     219                 :            : 
     220                 :     112028 :             void add(
     221                 :            :                     size_t id,
     222                 :            :                     const tet_t& nodes,
     223                 :            :                     Refinement_Case refinement_case,
     224                 :            :                     size_t parent_id
     225                 :            :             )
     226                 :            :             {
     227                 :            : 
     228                 :            :                 //std::cout << "id " << id << " parent " << parent_id << std::endl;
     229                 :            : 
     230                 :     112028 :                 add_to_master(id, nodes, refinement_case, parent_id, true);
     231                 :            : 
     232                 :     112028 :                 master_elements.get(id).refinement_level =
     233                 :     112028 :                     master_elements.get(parent_id).refinement_level+1;
     234                 :            : 
     235                 :            :                 // Deal with updating parent
     236                 :     112028 :                 master_elements.add_child(parent_id, id);
     237                 :            : 
     238                 :            :                 trace_out << "Added child " << id << std::endl;
     239                 :     112028 :             }
     240                 :            : 
     241                 :            :             /**
     242                 :            :              * @brief Convenience function to add a tet to the master_elements
     243                 :            :              * and active_elements store
     244                 :            :              *
     245                 :            :              * @param id The ID of the tetrahedron to add
     246                 :            :              * @param nodes A list of the nodes which form th etet
     247                 :            :              * @param refinement_case The refinement case which caused this tet
     248                 :            :              * to be generated
     249                 :            :              * @param parent_id The ID of the parent tetrahedron
     250                 :            :              * @param has_parent True if element has a parent
     251                 :            :             */
     252                 :    1037478 :             void add_to_master(size_t id, const tet_t& nodes,
     253                 :            :               Refinement_Case refinement_case, size_t parent_id=0,
     254                 :            :               bool has_parent=false)
     255                 :            :             {
     256                 :            :                 store_tet(id, nodes);
     257                 :            : 
     258                 :            :                 size_t refinement_level = 0;
     259                 :            : 
     260                 :            :                 // Add to master list
     261                 :    1037478 :                 master_elements.add(id, refinement_case, refinement_level, parent_id, has_parent);
     262                 :            : 
     263                 :            :                 // The new master element should start as active
     264                 :    1037478 :                 active_elements.add(id);
     265                 :    1037478 :             }
     266                 :            : 
     267                 :            :             /**
     268                 :            :              * @brief Interface to add a tet from the original mesh (no parent)
     269                 :            :             */
     270                 :            :             void add(const tet_t& nodes, Refinement_Case refinement_case)
     271                 :            :             {
     272                 :            :                 size_t id = id_generator.get_next_tet_id();
     273                 :     925450 :                 add_to_master(id, nodes, refinement_case);
     274                 :            :             }
     275                 :            : 
     276                 :            :             // NOTE: this does *not* deal with edges
     277                 :            :             /**
     278                 :            :              * @brief Function to delete a tet from the tet store (useful in
     279                 :            :              * derefinement)
     280                 :            :              *
     281                 :            :              * @param id id of the tet to delete
     282                 :            :              */
     283                 :      48756 :             void erase(size_t id)
     284                 :            :             {
     285                 :      48756 :                 deactivate(id);
     286                 :      48756 :                 master_elements.erase(id);
     287                 :            :                 tets.erase(id);
     288                 :            :                 // TODO: Should this update the number of children here rather than at the call site?
     289                 :      48756 :             }
     290                 :            : 
     291                 :            :             /**
     292                 :            :              * @brief Function to remove a tet from the active tet list
     293                 :            :              *
     294                 :            :              * @param id The id of the tet to deactivate
     295                 :            :              */
     296                 :            :             void deactivate(size_t id) {
     297 [ +  - ][ +  - ]:      62945 :                 active_elements.erase(id);
     298                 :            :                 // TODO: For safety, should we also mark it's edges as not
     299                 :            :                 // needing to be refined?
     300                 :            :             }
     301                 :            : 
     302                 :       6280 :             void activate(size_t id) {
     303                 :            :                 if (!is_active(id) )
     304                 :            :                 {
     305                 :       6280 :                     active_elements.add(id);
     306                 :            :                 }
     307                 :       6280 :             }
     308                 :            : 
     309                 :            :             /**
     310                 :            :              * @brief Function to add a tet to a list which maintains what is a
     311                 :            :              * center tet. (The need to maintain a list could be replaced by a
     312                 :            :              * geometric check on the tet itself)
     313                 :            :              *
     314                 :            :              * @param id Id of the tet to add
     315                 :            :              */
     316                 :            :             void add_center(size_t id)
     317                 :            :             {
     318                 :            :                 // cppcheck-suppress assertWithSideEffect
     319                 :            :                 assert( !is_center(id) );
     320                 :            :                 center_tets.insert(id);
     321                 :        176 :             }
     322                 :            : 
     323                 :            :             /**
     324                 :            :              * @brief function to check if a tet is a center tet in a 1:4
     325                 :            :              *
     326                 :            :              * @param id Id of the tet to check
     327                 :            :              *
     328                 :            :              * @return Bool stating if it's a center tet or not
     329                 :            :              */
     330                 :            :             bool is_center(size_t id)
     331                 :            :             {
     332         [ -  - ]:          0 :                 if (center_tets.find(id) != center_tets.end())
     333                 :            :                 {
     334                 :            :                     return true;
     335                 :            :                 }
     336                 :            :                 return false;
     337                 :            :             }
     338                 :            : 
     339                 :            :             /**
     340                 :            :              * @brief Function to get a list of refinement levels, useful for
     341                 :            :              * vis
     342                 :            :              *
     343                 :            :              * @return Vector containing refinement levels of tets
     344                 :            :              */
     345                 :         98 :             std::vector< real_t > get_refinement_level_list() const
     346                 :            :             {
     347                 :            :                 std::vector<real_t> refinement_level_list;
     348                 :            : 
     349         [ +  + ]:     150504 :                 for (const auto& kv : tets)
     350                 :            :                 {
     351                 :     150406 :                     size_t element_id = kv.first;
     352                 :            :                     if (active_elements.exists( element_id  )) {
     353                 :     133115 :                         real_t val = static_cast< tk::real >(
     354                 :     133115 :                           master_elements.get(element_id).refinement_level );
     355         [ +  - ]:     133115 :                         refinement_level_list.push_back(val);
     356                 :            :                     }
     357                 :            :                 }
     358                 :            : 
     359                 :            :                 trace_out << "Made refinement level list of len " << refinement_level_list.size() << std::endl;
     360                 :         98 :                 return refinement_level_list;
     361                 :            :             }
     362                 :            : 
     363                 :            :             /**
     364                 :            :              * @brief Function to return a list of cell types, useful when
     365                 :            :              * invoking the vis to do coloring by cell type
     366                 :            :              *
     367                 :            :              * @return Vector listening the types of cells
     368                 :            :              */
     369                 :         98 :             std::vector< real_t > get_cell_type_list() const
     370                 :            :             {
     371                 :            :                 std::vector<real_t> cell_type_list;
     372                 :            : 
     373         [ +  + ]:     150504 :                 for (const auto& kv : tets)
     374                 :            :                 {
     375                 :     150406 :                     size_t element_id = kv.first;
     376                 :            : 
     377                 :            :                     if (active_elements.exists( element_id  )) {
     378                 :            : 
     379         [ +  - ]:     133115 :                         real_t val = 0.0;
     380                 :            : 
     381                 :            :                         // Be a good citizen, make this enum human readable
     382 [ +  + ][ +  + ]:     133115 :                         switch (master_elements.get(element_id).refinement_case)
            [ -  - ][ - ]
     383                 :            :                         {
     384                 :        260 :                             case Refinement_Case::one_to_two:
     385                 :        260 :                                 val = 2.0;
     386                 :        260 :                                 break;
     387                 :        704 :                             case Refinement_Case::one_to_four:
     388                 :        704 :                                 val = 4.0;
     389                 :        704 :                                 break;
     390                 :     125934 :                             case Refinement_Case::one_to_eight:
     391                 :     125934 :                                 val = 8.0;
     392                 :     125934 :                                 break;
     393                 :       6217 :                             case Refinement_Case::initial_grid:
     394                 :       6217 :                                 val = 1.0;
     395                 :       6217 :                                 break;
     396                 :            :                             // TODO: this will never actually happen, as a 2:8 currently views
     397                 :            :                             // itself as a 1:8 (as it did a 2:1, and a 1:8)
     398                 :          0 :                             case Refinement_Case::two_to_eight:
     399                 :          0 :                                 val = 2.8;
     400                 :          0 :                                 break;
     401                 :          0 :                             case Refinement_Case::four_to_eight:
     402                 :          0 :                                 val = 4.8;
     403                 :          0 :                                 break;
     404                 :            :                             case Refinement_Case::none:
     405                 :            :                                 val = 0.0;
     406                 :            :                                 break;
     407                 :            :                         }
     408         [ +  - ]:     133115 :                         cell_type_list.push_back(val);
     409                 :            :                     }
     410                 :            :                 }
     411                 :            : 
     412                 :            :                 trace_out << "Made cell type list of len " << cell_type_list.size() << std::endl;
     413                 :         98 :                 return cell_type_list;
     414                 :            :             }
     415                 :            : 
     416                 :            :             /**
     417                 :            :              * @brief The function gives a way to go back from active_inpoel to
     418                 :            :              * real AMR id
     419                 :            :              *
     420                 :            :              * @return A vector which hold the AMR ids of the active inpoel
     421                 :            :              */
     422                 :            :             std::vector< std::size_t >& get_active_id_mapping()
     423                 :            :             {
     424                 :            :                 active_id_mapping.clear();
     425                 :            : 
     426                 :            :                 for (const auto& kv : tets)
     427                 :            :                 {
     428                 :            :                     size_t element_id = kv.first;
     429                 :            : 
     430                 :            :                     if (is_active( element_id )) {
     431                 :            :                         active_id_mapping.push_back( element_id );
     432                 :            :                     }
     433                 :            :                 }
     434                 :            : 
     435                 :            :                 return active_id_mapping;
     436                 :            :             }
     437                 :            : 
     438                 :            :             /**
     439                 :            :              * @brief Function to extract only the active elements from tetinpeol
     440                 :            :              *
     441                 :            :              * @return List of only active elements
     442                 :            :              */
     443                 :            :             // TODO: need equiv for m_x/m_y/m_z? Otherwise there will be
     444                 :            :             // useless nodes in m_x etc? (Although that's functionally fine)
     445                 :        366 :             std::vector< std::size_t >& get_active_inpoel()
     446                 :            :             {
     447         [ +  + ]:        366 :                 active_tetinpoel.clear();
     448                 :            :                 active_nodes.clear();
     449                 :            : 
     450         [ +  + ]:     566371 :                 for (const auto& kv : tets)
     451                 :            :                 {
     452                 :            : 
     453                 :     566005 :                     size_t element_id = kv.first;
     454                 :     566005 :                     auto t = kv.second;
     455                 :            : 
     456                 :            :                     if (is_active( element_id )) {
     457                 :     499432 :                         active_tetinpoel.push_back( t[0] );
     458                 :     499432 :                         active_tetinpoel.push_back( t[1] );
     459                 :     499432 :                         active_tetinpoel.push_back( t[2] );
     460                 :     499432 :                         active_tetinpoel.push_back( t[3] );
     461                 :            : 
     462                 :            :                         active_nodes.insert( t[0] );
     463                 :            :                         active_nodes.insert( t[1] );
     464                 :            :                         active_nodes.insert( t[2] );
     465                 :            :                         active_nodes.insert( t[3] );
     466                 :            :                     }
     467                 :            :                 }
     468                 :            : 
     469                 :        366 :                 return active_tetinpoel;
     470                 :            :             }
     471                 :            : 
     472                 :            :             // TODO: These mark methods can probably be a single one to which a
     473                 :            :                 // Refinement_Case is passed, depending on how extra edges are marked
     474                 :            :             /**
     475                 :            :              * @brief Function to mark a given tet as needing a 1:2 refinement
     476                 :            :              *
     477                 :            :              * @param tet_id The tet to mark
     478                 :            :              */
     479                 :            :             void mark_one_to_two(size_t tet_id)
     480                 :            :             {
     481                 :            :                 // TODO: If none of these methods need extra markings, then
     482                 :            :                 // change them into a single method
     483                 :            :                 trace_out << "Mark " << tet_id << " as 1:2" << std::endl;
     484                 :        529 :                 marked_refinements.add(tet_id, Refinement_Case::one_to_two);
     485                 :        529 :             }
     486                 :            : 
     487                 :            :             /**
     488                 :            :              * @brief Mark a given tet as needing a 1:4 refinement
     489                 :            :              *
     490                 :            :              * @param tet_id The tet to mark
     491                 :            :              */
     492                 :            :             void mark_one_to_four(size_t tet_id)
     493                 :            :             {
     494                 :            :                 trace_out << "Mark " << tet_id << " as 1:4" << std::endl;
     495                 :        605 :                 marked_refinements.add(tet_id, Refinement_Case::one_to_four);
     496                 :            :             }
     497                 :            : 
     498                 :            :             /**
     499                 :            :              * @brief Mark a given tet as needing a 2:8 refinement
     500                 :            :              *
     501                 :            :              * @param tet_id id of tet to mark
     502                 :            :              */
     503                 :            :             void mark_two_to_eight(size_t tet_id)
     504                 :            :             {
     505                 :            :                 trace_out << "Mark " << tet_id << " as 2:8" << std::endl;
     506         [ -  - ]:          0 :                 marked_refinements.add(tet_id, Refinement_Case::two_to_eight);
     507                 :          0 :             }
     508                 :            : 
     509                 :            :             /**
     510                 :            :              * @brief Mark a given tet as needing a 4:8 refinement
     511                 :            :              *
     512                 :            :              * @param tet_id id of tet to mark
     513                 :            :              */
     514                 :            :             void mark_four_to_eight(size_t tet_id)
     515                 :            :             {
     516                 :            :                 trace_out << "Mark " << tet_id << " as 4:8" << std::endl;
     517         [ -  - ]:          0 :                 marked_refinements.add(tet_id, Refinement_Case::four_to_eight);
     518                 :          0 :             }
     519                 :            : 
     520                 :            :             /**
     521                 :            :              * @brief Function to mark a given tet as needing a 1:8 refinement
     522                 :            :              *
     523                 :            :              * @param tet_id The tet to mark
     524                 :            :              */
     525                 :            :             void mark_one_to_eight(size_t tet_id)
     526                 :            :             {
     527                 :            :                 trace_out << "Mark " << tet_id << " as 1:8" << std::endl;
     528                 :      49500 :                 marked_refinements.add(tet_id, Refinement_Case::one_to_eight);
     529                 :      49500 :             }
     530                 :            : 
     531                 :            :             bool has_refinement_decision(size_t id)
     532                 :            :             {
     533         [ +  - ]:     137844 :                 return marked_refinements.exists(id);
     534                 :            :             }
     535                 :            : 
     536                 :            :             /**
     537                 :            :              * @brief Helper debug function to print tet information
     538                 :            :              */
     539                 :            :             void print_tets() {
     540                 :            :                 for (const auto& kv : tets)
     541                 :            :                 {
     542                 :            :                     tet_t tet = kv.second;
     543                 :            : 
     544                 :            :                     trace_out << "Tet " << kv.first << " has edges :" <<
     545                 :            :                         tet[0] << ", " <<
     546                 :            :                         tet[1] << ", " <<
     547                 :            :                         tet[2] << ", " <<
     548                 :            :                         tet[3] << ", " <<
     549                 :            :                     std::endl;
     550                 :            :                 }
     551                 :            :             }
     552                 :            : 
     553                 :            :             void print_edges()
     554                 :            :             {
     555                 :            :                 edge_store.print();
     556                 :            :             }
     557                 :            : 
     558                 :         71 :             void print_node_types()
     559                 :            :             {
     560                 :            : 
     561                 :            :                 int initial_grid = 0;
     562                 :            :                 int one_to_two = 0;
     563                 :            :                 int one_to_four = 0;
     564                 :            :                 int one_to_eight = 0;
     565                 :            :                 int other = 0;
     566                 :            : 
     567         [ +  + ]:     145529 :                 for (const auto& kv : tets)
     568                 :            :                 {
     569                 :     145458 :                     size_t tet_id = kv.first;
     570                 :            :                     if (is_active(tet_id))
     571                 :            :                     {
     572                 :            :                         switch(get_refinement_case(tet_id))
     573                 :            :                         {
     574                 :            :                             case Refinement_Case::one_to_two:
     575                 :            :                                 one_to_two++;
     576                 :            :                                 break;
     577                 :            :                             case Refinement_Case::one_to_four:
     578                 :            :                                 one_to_four++;
     579                 :            :                                 break;
     580                 :            :                             case Refinement_Case::one_to_eight:
     581                 :            :                                 one_to_eight++;
     582                 :            :                                 break;
     583                 :            :                             case Refinement_Case::initial_grid:
     584                 :            :                                 initial_grid++;
     585                 :            :                                 break;
     586                 :            :                             case Refinement_Case::two_to_eight:
     587                 :            :                                 // Don't care (yet)
     588                 :            :                                 other++;
     589                 :            :                                 break;
     590                 :            :                             case Refinement_Case::four_to_eight:
     591                 :            :                                 // Don't care (yet)
     592                 :            :                                 other++;
     593                 :            :                                 break;
     594                 :            :                             case Refinement_Case::none:
     595                 :            :                                 // Don't care (yet)
     596                 :            :                                 other++;
     597                 :            :                                 break;
     598                 :            :                         }
     599                 :            : 
     600                 :            :                     }
     601                 :            :                 }
     602                 :            : 
     603                 :            :                 //std::cout << "Active Totals:" << std::endl;
     604                 :            :                 //std::cout << "  --> Initial = " << initial_grid << std::endl;
     605                 :            :                 //std::cout << "  --> 1:2 = " << one_to_two << std::endl;
     606                 :            :                 //std::cout << "  --> 1:4 = " << one_to_four << std::endl;
     607                 :            :                 //std::cout << "  --> 1:8 = " << one_to_eight << std::endl;
     608                 :         71 :             }
     609                 :            : 
     610                 :    1925974 :             edge_list_t generate_edge_keys(size_t tet_id)
     611                 :            :             {
     612                 :    1925974 :                 tet_t tet = get(tet_id);
     613                 :    1925974 :                 return edge_store.generate_keys(tet);
     614                 :            :             }
     615                 :            : 
     616                 :     925580 :             void generate_edges(size_t i) {
     617                 :            :                 //  For tet ABCD, edges are:
     618                 :            :                 //  AB, AC, AD, BC, BD, CD
     619                 :            :                 //
     620                 :     925580 :                 edge_list_t edge_list = generate_edge_keys(i);
     621                 :            : 
     622         [ +  + ]:    6479060 :                 for (size_t j = 0; j < NUM_TET_EDGES; j++)
     623                 :            :                 {
     624                 :    5553480 :                     edge_t edge = edge_list[j];
     625                 :            : 
     626                 :            :                     size_t A = edge.first();
     627                 :            :                     size_t B = edge.second();
     628                 :            : 
     629                 :            :                     Edge_Refinement er = Edge_Refinement(A, B, false,
     630                 :            :                             false, Edge_Lock_Case::unlocked);
     631                 :            : 
     632                 :            :                     edge_store.add(edge, er);
     633                 :            :                 }
     634                 :     925580 :             }
     635                 :            : 
     636                 :            :             /**
     637                 :            :              * @brief function to take a tet_id, finds it's nodes, and
     638                 :            :              * expresses them as faces
     639                 :            :              *
     640                 :            :              * Take tet ABCD, generate faces {ABC, ABD, ACD, BCD}
     641                 :            :              *
     642                 :            :              * @param tet_id The tet to generate faces for
     643                 :            :              *
     644                 :            :              * @return A list of faces making this tet
     645                 :            :              */
     646                 :        862 :             face_list_t generate_face_lists(size_t tet_id)
     647                 :            :             {
     648                 :            :                 // Hard code this for now...
     649                 :        862 :                 tet_t tet = get(tet_id);
     650                 :            : 
     651                 :            :                 trace_out  << "Tet has nodes " <<
     652                 :            :                     tet[0] << ", " <<
     653                 :            :                     tet[1] << ", " <<
     654                 :            :                     tet[2] << ", " <<
     655                 :            :                     tet[3] << ", " <<
     656                 :            :                     std::endl;
     657                 :            : 
     658                 :            :                 face_list_t face_list;
     659                 :            : 
     660                 :            :                 // ABC
     661                 :        862 :                 face_list[0][0] = tet[0];
     662                 :        862 :                 face_list[0][1] = tet[1];
     663                 :        862 :                 face_list[0][2] = tet[2];
     664                 :            : 
     665                 :            :                 // ABD
     666                 :        862 :                 face_list[1][0] = tet[0];
     667                 :        862 :                 face_list[1][1] = tet[3];
     668                 :        862 :                 face_list[1][2] = tet[1];
     669                 :            : 
     670                 :            :                 // ACD
     671                 :        862 :                 face_list[2][0] = tet[0];
     672                 :        862 :                 face_list[2][1] = tet[2];
     673                 :        862 :                 face_list[2][2] = tet[3];
     674                 :            : 
     675                 :            :                 // BCD
     676                 :        862 :                 face_list[3][0] = tet[1];
     677                 :        862 :                 face_list[3][1] = tet[3];
     678                 :        862 :                 face_list[3][2] = tet[2];
     679                 :            : 
     680                 :        862 :                 return face_list;
     681                 :            :             }
     682                 :            : 
     683                 :            :             /**
     684                 :            :              * @brief Function which marks all edges in a given tet as needing
     685                 :            :              * to be refined
     686                 :            :              *
     687                 :            :              * @param tet_id ID of the tet to mark
     688                 :            :              */
     689                 :      49500 :             void mark_edges_for_refinement(size_t tet_id)
     690                 :            :             {
     691                 :      49500 :                 edge_list_t edge_list = generate_edge_keys(tet_id);
     692         [ +  + ]:     346500 :                 for (size_t k = 0; k < NUM_TET_EDGES; k++)
     693                 :            :                 {
     694                 :     297000 :                     edge_t edge = edge_list[k];
     695                 :     297000 :                     edge_store.mark_for_refinement(edge);
     696                 :            :                     trace_out << "Marking edge " << edge << " for refine " << std::endl;
     697                 :            :                 }
     698                 :      49500 :             }
     699                 :            : 
     700                 :            :             /**
     701                 :            :              * @brief Delete existing edges. Iterate over the tets, and add them to
     702                 :            :              * the edge store.
     703                 :            :              */
     704                 :            :             // FIXME: Better name for this?
     705                 :       2468 :             void generate_edges() {
     706                 :            : 
     707                 :            :                 // Go over tets, and generate all known edges
     708                 :            :                 edge_store.edges.clear();
     709                 :            : 
     710                 :            :                 // Jump over tets
     711         [ +  + ]:     927918 :                 for (const auto& kv : tets)
     712                 :            :                 {
     713                 :     925450 :                     size_t tet_id = kv.first;
     714                 :     925450 :                     generate_edges(tet_id);
     715                 :            :                 }
     716                 :       2468 :             }
     717                 :            : 
     718                 :          0 :             void unset_marked_children(size_t parent_id)
     719                 :            :             {
     720                 :            :                 Refinement_State& parent = data(parent_id);
     721         [ -  - ]:          0 :                 for (auto c : parent.children)
     722                 :            :                 {
     723                 :          0 :                     marked_refinements.erase(c);
     724                 :            :                 }
     725                 :          0 :             }
     726                 :            : 
     727                 :            :             child_id_list_t generate_child_ids(size_t parent_id, size_t count = MAX_CHILDREN)
     728                 :            :             {
     729                 :      14189 :                 return id_generator.generate_child_ids(parent_id, count);
     730                 :            :             }
     731                 :            :             size_t get_child_id(size_t parent_id, size_t offset) const
     732                 :            :             {
     733                 :            :                 return master_elements.get_child_id(parent_id, offset);
     734                 :            :             }
     735                 :            : 
     736                 :            :             size_t get_parent_id(size_t id) const
     737                 :            :             {
     738                 :            :                 return master_elements.get_parent(id);
     739                 :            :             }
     740                 :            : 
     741                 :            :             // Deref
     742                 :         24 :             void process_delete_list()
     743                 :            :             {
     744                 :            :                 trace_out << "process_delete_list " << delete_list.size() << std::endl;
     745                 :            :                 size_t original_size = size();
     746         [ -  + ]:         24 :                 for(auto f : delete_list) {
     747                 :          0 :                     erase(f);
     748                 :            :                 }
     749                 :            : 
     750                 :            :                 size_t end_size = size();
     751                 :            :                 trace_out << "Deleted " << original_size-end_size << std::endl;
     752                 :            : 
     753                 :            :                 delete_list.clear();
     754                 :         24 :             }
     755                 :            :             /**
     756                 :            :              * @brief Function to mark a given tet as a specific Derefinement_Case
     757                 :            :              *
     758                 :            :              * @param tet_id The tet to mark
     759                 :            :              * @param decision The Derefinement_case to set
     760                 :            :              */
     761                 :            :             void mark_derefinement_decision(size_t tet_id, AMR::Derefinement_Case decision)
     762                 :            :             {
     763                 :            :                 trace_out << "MARKING_DEREF_DECISION" << std::endl;
     764 [ +  - ][ +  - ]:      14957 :                 marked_derefinements.add(tet_id, decision);
         [ +  - ][ -  - ]
         [ +  - ][ +  - ]
         [ +  - ][ +  - ]
         [ +  - ][ -  - ]
         [ -  - ][ +  - ]
                 [ +  - ]
     765                 :      14957 :             }
     766                 :            :             bool has_derefinement_decision(size_t id)
     767                 :            :             {
     768                 :       7614 :                 return marked_derefinements.exists(id);
     769                 :            :             }
     770                 :            : 
     771                 :            :     };
     772                 :            : }
     773                 :            : 
     774                 :            : #endif // guard

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