Branch data Line data Source code
1 : : // *****************************************************************************
2 : : /*!
3 : : \file src/Statistics/UniPDF.hpp
4 : : \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
5 : : 2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
6 : : 2019-2021 Triad National Security, LLC.,
7 : : 2022-2025 J. Bakosi
8 : : All rights reserved. See the LICENSE file for details.
9 : : \brief Univariate PDF estimator
10 : : \details Univariate PDF estimator. This class can be used to estimate a
11 : : probability density function of (PDF) a scalar variable from an ensemble.
12 : : The implementation uses the standard container std::unordered_map, which is
13 : : a hash-based associative container with linear algorithmic complexity for
14 : : insertion of a new sample.
15 : : */
16 : : // *****************************************************************************
17 : : #ifndef UniPDF_h
18 : : #define UniPDF_h
19 : :
20 : : #include <array>
21 : : #include <unordered_map>
22 : : #include <algorithm>
23 : : #include <cfenv>
24 : :
25 : : #include "Types.hpp"
26 : : #include "Exception.hpp"
27 : : #include "PUPUtil.hpp"
28 : :
29 : : namespace tk {
30 : :
31 : : //! Univariate PDF estimator
32 [ + - ]: 36392 : class UniPDF {
33 : :
34 : : public:
35 : : //! Number of sample space dimensions
36 : : static const std::size_t dim = 1;
37 : :
38 : : //! Key type
39 : : using key_type = long;
40 : :
41 : : //! Pair type
42 : : using pair_type = std::pair< const key_type, tk::real >;
43 : :
44 : : //! \brief Univariate PDF
45 : : //! \details The underlying container type is an unordered_map where the key
46 : : //! is one bin id corresponding to the single sample space dimension, and
47 : : //! the mapped value is the sample counter. The hasher functor used here
48 : : //! is the default for the key type provided by the standard library.
49 : : using map_type = std::unordered_map< key_type, tk::real >;
50 : :
51 : : //! Empty constructor for Charm++
52 [ + - ]: 9180 : explicit UniPDF() : m_binsize( 0 ), m_nsample( 0 ), m_pdf() {}
53 : :
54 : : //! Constructor: Initialize univariate PDF container
55 : : //! \param[in] bs Sample space bin size
56 : : explicit UniPDF( tk::real bs ) :
57 [ + - ]: 2576 : m_binsize( bs ), m_nsample( 0 ), m_pdf() {}
58 : :
59 : : //! Accessor to number of samples
60 : : //! \return Number of samples collected
61 [ + - ]: 202865 : std::size_t nsample() const noexcept { return m_nsample; }
62 : :
63 : : //! Add sample to univariate PDF
64 : : //! \param[in] sample Sample to insert
65 : 4442758 : void add( tk::real sample ) {
66 : : Assert( m_binsize > 0, "Bin size must be positive" );
67 : 4442758 : ++m_nsample;
68 : : fenv_t fe;
69 : 4442758 : feholdexcept( &fe );
70 : 4442758 : ++m_pdf[ std::lround( sample / m_binsize ) ];
71 : 4442758 : feclearexcept( FE_UNDERFLOW );
72 : 4442758 : feupdateenv( &fe );
73 : 4442758 : }
74 : :
75 : : //! Add multiple samples from a PDF
76 : : //! \param[in] p PDF whose samples to add
77 : 6963 : void addPDF( const UniPDF& p ) {
78 : 6963 : m_binsize = p.binsize();
79 : 6963 : m_nsample += p.nsample();
80 [ + + ]: 400199 : for (const auto& e : p.map()) m_pdf[ e.first ] += e.second;
81 : 6963 : }
82 : :
83 : : //! Zero bins
84 : : void zero() noexcept { m_nsample = 0; m_pdf.clear(); }
85 : :
86 : : //! Constant accessor to underlying PDF map
87 : : //! \return Constant reference to underlying map
88 : : const map_type& map() const noexcept { return m_pdf; }
89 : :
90 : : //! Constant accessor to bin size
91 : : //! \return Sample space bin size
92 [ - + ]: 7728 : tk::real binsize() const noexcept { return m_binsize; }
93 : :
94 : : //! Return minimum and maximum bin ids of sample space
95 : : //! \return {min,max} Minimum and maximum of the bin ids
96 : 765 : std::array< long, 2*dim > extents() const {
97 : : Assert( !m_pdf.empty(), "PDF empty" );
98 : 765 : auto x = std::minmax_element( begin(m_pdf), end(m_pdf),
99 : : []( const pair_type& a, const pair_type& b )
100 [ + + ][ + + ]: 100394 : { return a.first < b.first; } );
[ + + ][ + + ]
[ + + ][ + + ]
[ + + ][ + + ]
101 : 765 : return {{ x.first->first, x.second->first }};
102 : : }
103 : :
104 : : //! Compute integral of the distribution across the whole sample space
105 : : //! \return Integral of the distribution
106 : : tk::real integral() const {
107 : : return std::accumulate( m_pdf.cbegin(), m_pdf.cend(), 0.0,
108 : : [&]( tk::real i, const pair_type& p ){
109 [ + - ]: 196667 : return i + p.second; } ) / static_cast< tk::real >( m_nsample );
110 : : }
111 : :
112 : : /** @name Pack/Unpack: Serialize UniPDF object for Charm++ */
113 : : ///@{
114 : : //! Pack/Unpack serialize member function
115 : : //! \param[in,out] p Charm++'s PUP::er serializer object reference
116 : : // cppcheck-suppress constParameter
117 : 27540 : void pup( PUP::er& p ) {
118 : 27540 : p | m_binsize;
119 : 27540 : p | m_nsample;
120 : 27540 : p | m_pdf;
121 : 27540 : }
122 : : //! \brief Pack/Unpack serialize operator|
123 : : //! \param[in,out] p Charm++'s PUP::er serializer object reference
124 : : //! \param[in,out] c UniPDF object reference
125 [ + - ]: 27540 : friend void operator|( PUP::er& p, UniPDF& c ) { c.pup(p); }
126 : : ///@}
127 : :
128 : : private:
129 : : tk::real m_binsize; //!< Sample space bin size
130 : : std::size_t m_nsample; //!< Number of samples collected
131 : : map_type m_pdf; //!< Probability density function
132 : : };
133 : :
134 : : //! Output univariate PDF to output stream
135 : : //! \param[in,out] os Stream to output to
136 : : //! \param[in] p PDF to output
137 : : //! \return Updated stream
138 : : //! \note Used for debugging.
139 : : static inline
140 : : std::ostream& operator<< ( std::ostream& os, const tk::UniPDF& p ) {
141 : : os << p.binsize() << ", " << p.nsample() << ": ";
142 : : std::map< typename tk::UniPDF::key_type, tk::real >
143 : : sorted( p.map().begin(), p.map().end() );
144 : : for (const auto& b : sorted) os << '(' << b.first << ',' << b.second << ") ";
145 : : return os;
146 : : }
147 : :
148 : : } // tk::
149 : :
150 : : #endif // UniPDF_h
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